对民事裁判的认可，实际已经意味着对作出裁判机构权威性的认可，这与刑事裁判效力的认可，并无二致。最高人民法院在《关于人民法院认可台湾地区有关法院民事判决的规定》中也没有在文件中给台湾地区的法院，加上给台湾地区其他公权力主体惯用的引号。从这点看，大陆地区对台湾地区之法院及其裁判权力是认可的。当然是基于事实的认可，还是法律上的认可，这可以做进一步的分析。
两岸虽然处于政治分立状态，大陆从不认为台湾地区为一国家，台湾官方表述也认为大陆地区为“中华民国”的组成部分，但两岸相互之间实际上默认对方为一个政治实体，享有相对独立的治权（而非主权），即对本地事务的管理权力，包括立法、行政和司法，而且不受其他法域的干涉和制约，最重要的表现即是，对本区域内所有事务的终局性的处理权限。两岸相互承认对方对本区域内的事务拥有治权，既是对现实状态的一种理性选择，也是开展任何对话、交流和合作的基础。目前，两岸官方虽然都没有关于治权承认的表述，但实践中已经采取这种态度。如是推论，两岸间相互承认各自法院作出裁判的效力，实际上也是以相互承认对方治权为基础的。而承认对方享有治权，并不意味着承认对方享有主权，所以也就不会因承认对方法院裁判效力而“演义”为对主权的承认。
（二）刑事司法制度上的差异及不信任
两岸刑事司法制度虽然多有相同或者相通之处，但也存在一定的差异，尤其在诉讼程序、证据制度方面多有表现。由于这种差异的存在，就会在一些案件的处理上存在差异，这会影响到对生效判决的认识问题，即便双方都认为是犯罪的情况下，在某一案件中被指控的行为，一方根据自己的证据制度认为有罪，而另一方则可能认为无罪。此外，虽然两岸司法界近年来交流频繁，但是彼此之间的认识、认同还处于较低阶段，因而难免造成彼此之间的不信任状态。尤其是大陆法制重建时间尚短，刑事司法制度和实践还存在较多问题，加之外界对大陆地区刑事法制状况批评甚多，无形中即会影响到台湾地区民众对大陆地区刑事法制现状的信任程度，而两岸间的相互信任是推动相互承认刑事裁判的基础。
对于两岸刑事司法制度的差异问题，可以在建立刑事裁判相互承认机制中着力加以解决，即引入必要的异议和说明机制。详言之，当一方提出请求，让另一方承认其刑事裁判时，被请求方可以对该刑事裁判产生的疑问提出异议，而请求方应当加以必要的说明；如果异议确实成立，则请求方通过其再审程序予以纠正。[20]比较而言，两岸间彼此对刑事司法制度不信任的问题，则更为棘手，也更为复杂。对此，只有继续大力推动交流，澄清误解，并通过建立妥当的合作机制，才能逐步建立互信。
四、结语
自两岸签署《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》以来，两岸刑事司法互助已经进入一个新时代。如此大好形势之下，两岸间应继续加强合作，拓宽合作领域。鉴于两岸政治分立之现实，应当突破既有理论和观念的束缚，从有利于两岸人民福祉出发考虑问题、解决问题。两岸间相互承认刑事裁判的效力，正是以此为出发点，也以此为目的。当然，我们应看到，两岸一旦相互承认刑事裁判的效力，也会带来一系列新的、具体的问题，不过，大的原则确定后，具体问题可以通过继续协商加以解决。总之，只要两岸间相互理解，并能够创造性地推出符合两岸实际的新理论、新做法，则再棘手的问题也会逐步化解。
