第四，财政转移支付。日本的财政转移支付制度包括地方交付税与国库支出金，二者对于地方自治具有不同意义。地方交付税是指为达到均衡地区间财力的目的，中央政府提取国税中所得税、法人税和酒税收入的32%、消费税收入的29.5%以及香烟税的25％作为交付税总额，再根据客观因素和行政服务水平要求计算出各地的标准财政支出额，以各地地方税应征收税额加上地方让与税作为各地的标准财政收入额，标准财政支出额与标准财政收入额的差额，为各地财源不足额，最后按比例分配交付税。地方交付税在地方财政收入中仅次于地方税，居第二位。地方交付金承继1950年依据夏普劝告创设的地方财政平衡交付金制度，虽然不属于地方固有财源，但是用于一般性财政支出，所以又被称为“呈间接课征形态的地方税”。[28]
《地方交付税》第1条阐述立法目的，地方交付税是在确保《日本宪法》第94条规定的地方公共团体权限的前提下，“谋求地方之间财源均衡化，以及通过设定地方交付税交付标准等保障地方行政有计划运营，以此促进地方自治宗旨的实现，强化地方政府的独立性”。国库支出金，又称国库补助负担金，是指对实施特定事业与事务的地方公共团体，国家为提供实施事业与事务所需经费而附义务交付给地方公共团体的经费，以及国家奖励地方公共团体实施特别事业与事务的费用，是国家的单方面给付金。国库支出金在地方财政收入中仅次于地方税和交付地方税，居第三位。国库支出金又分为国库负担金、国库委托金和国库补助金三种。国库负担金是依据《地方财政法》第10条第1、 2、 3款，地方公共团体实施事业和事务时，国家基于与地方的共同责任，按照国家责任比例义务地支出的资金。国库委托金是指依据第10条第4款规定的地方公共团体无法负担义务的事业与事务，国家基于便利国民、有效执行而将其委托给地方公共团体时交付的资金。国库补助金是指依据第16条，国家基于地方公共团体采取必要措施，或者有财政上特别需要，或者奖励地方公共团体进行特定事业而支付的资金。国库支出金是用途受到限定的所谓附带条件的财源，负担金、委托金的分配是否公平，补助金是否构成国家对地方公共团体进行控制的手段等，都成为需要探讨的问题，乃至引发制度本身存废的争议。[29]目前，基于地方自治的精神，国库支出金的规模正在缩小。
第五，居民诉讼制度。居民诉讼是战后民主化建设中移植美国判例法上纳税人诉讼的一项改革成果，已经成为日本地方预算执行监督中独具特色的制度。日本《地方自治法》在第九章财务下设第十节“居民的监查请求及诉讼”，制度的直接目的是防止和纠正地方公共团体职员违法或不当的财务会计行为，制度的实施为居民提供参加地方政治与地方行政、维护地方利益的手段，并对地方公共团体财务会计的营运予以监督及司法审查。日本居民的监督请求及诉讼制度由两阶段构成。依据《地方自治法》第242条，第一阶段是居民监督请求，即普通公共团体的居民如果认定普通地方公共团体的行政首长、委员会或委员以及该普通地方公共团体公务员，具有违法或不当的公款挪用、财产的取得、管理或处置、契约的缔结或履行债务及其他义务的责任时，包括预测该行为发生具有相当的确凿性的情况，或者认定存在违法或有不正当赋课及征收或者财产管理方面玩忽职守的事实时，可以附证明以上事实的书面报告，向监查委员提出监查请求。监查委员收到请求后进行监查，如果认定请求没有理由，则附理由书面通知请求人并同时予以公示；如果认定请求理由成立，则向有关主体发出劝告，要求其在一定期限内采取必要措施，并将劝告内容通知请求人及予以公示，情况紧急或危害重大时，监查委员可以劝告立即停止行为。由于劝告不具有强制执行力，相关主体可能未采取措施，以及请求人对监查委员的监查结果、劝告内容或相关主体的措施不服时，则进入第二阶段，即普通地方公共团体的居民可以依据《地方自治法》第242条之2向法院提起以下诉讼请求：中止该执行机关或公务员的全部或部分行为；取消或确认该行政处分无效；确认该执行机关或公务员玩忽职守事实；向该执行机关或公务员提出对相关方损害的赔偿或不正当利益的返还。“居民诉讼的直接依据对象是财务行政，而根据其违法事由如何理解，本诉讼的涉及范围具有极大扩展的可能性”，[30]非财务会计行为的合法与适当性被纳入司法审查，成为纠正行政运作的重要手段。
