司法建议在行政诉讼法律文本中的第二次出现则是最高人民法院发布的《关于执行＜中华人民共和国行政诉讼法＞若干问题的解释》（以下简称《解释》）。根据《解释》第59条的规定，判决撤销违法的被诉具体行政行为将会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失的，人民法院在判决撤销的同时可以向被告和有关机关提出司法建议。与《行政诉讼法》第65条第3款中有关司法建议的规定相比，《解释》第59的规定具有两方面的明显进步：一是将司法建议的发送对象扩大到被告，建立了司法与行政之间更为直接有效的对话与沟通平台；二是将司法建议的发送时间提前到判决的同时，拓展了司法建议的适用范围。
司法建议制度真正获得官方的正式认同则始于2007年《通知》的发布。《通知》不仅充分肯定了司法建议作为化解社会矛盾、提高社会管理水平的司法服务手段在建设法治社会与和谐社会中的重要作用，而且还提出要从程序、内容、格式及落实的规范性等方面保障司法建议的质量和效果。从此以后，在最高人民法院相继发布的行政诉讼司法解释和司法文件中，司法建议的地位更加突出。[5]例如，《关于行政诉讼撤诉若干问题的规定》（以下简称《撤诉规定》）第1条规定：“人民法院经审查认为被诉具体行政行为违法或者不当，可以在宣告判决或者裁定前，建议被告改变其所作的具体行政行为”。这一规定不仅将行政诉讼司法建议的作出时间提前到了行政判决或裁定之前，而且还进一步拓展了司法建议的功能。考虑到协调结案已经成为我国当下行政案件的主导处理方式，因而《撤诉规定》中有关司法建议的规定对于行政案件的及时化解乃至行政裁判的运用与否都起了决定性作用。又如，《关于当前形势下做好行政审判工作的若干意见》第4条规定：“要高度重视司法建议工作。对于个案审理中发现的行政执法方面存在的问题，及时向有关行政机关提出改进意见和建议。对于政府决策和行政管理活动中出现的共性问题，书面报送当地党委、人大和政府，为领导决策和改进工作提供参考”。这一规定区分了个案司法建议和综合司法建议，凸显出司法建议活动的主动性和服务性。再如，《关于依法保护行政诉讼当事人诉权的意见》第6条规定：“要建议政府和有关部门正确理解和评价行政诉讼败诉现象，修改和完善相关考评制度，防止和消除由此产生的负面影响”。这一规定已经将司法建议上升为营造行政审判良好外部环境的重要环节，体现了司法高层对司法建议制度的功能期待。
（二）实际运作地位之变迁
囿于司法统计制度的不健全，虽然司法建议在我国当下行政审判活动中的整体运行情况尚难以准确查考，但我国局部地区的实践早已表明司法建议在行政诉讼中已经得到广泛运用，一些地方的法院甚至创造性地运用了司法建议。例如，在“孙庆龙诉兴化市教育局等不履行办理入学及进编手续法定职责案”[6]中，江苏省兴化市人民法院在以请求事项不属于行政审判权限范围为由裁定驳回原告诉讼请求的同时，针对被告兴化市教育局对原告是否存在违反计划生育行为的调查迟迟不作结论的状况，提出司法建议并将司法建议函抄送江苏省泰州市教育局和江苏省教育厅，从而使原告的入学问题得到了妥善处理。在“谢启川诉龙岩市国土资源局限期履行职责案”[7]中，福建省龙岩市新罗区人民法院在判决驳回原告诉讼请求的同时，为促使行政执法活动程序化、规范化、科学化，提高行政执法工作的效率和质量，充分保护行政相对人的合法权益，特向龙岩市国土资源局提出司法建议，建议对于多次提出相同信访要求的，应严格按照《信访条例》的规定作出处理并建立和规范档案管理制度。上述两个典型案例分别代表了行政诉讼司法建议的两种常见模式：前者旨在通过司法建议的合理运用弥补行政判决的不足，间接维护当事人的正当权益；后者则是通过司法建议的运用指陈个案所反映出的行政执法疏漏，敦促行政机关完善相应的管理制度避免再次出现类似纠纷。
