2.前期开发整理储备土地的企业与市、县人民政府国土资源管理部门
如同前述，在前期开发整理储备土地的层面上，市、县人民政府国土资源管理部门与实施土地一级开发的商家各为当事人一方，市、县人民政府国土资源管理部门承担的义务是向该企业支付补偿款，享有的权利是适时收回建设用地。
3.前期开发整理储备土地的企业与实际用地者
前期开发整理储备土地的企业与实际用地者之间的关系，有些人认为属于建设用地使用权转让合同关系，尤其是有些市也确实要求前期开发整理储备土地的企业与实际用地者之间签订建设用地使用权转让合同，以及补偿合同。下文的案例分析即属此类。但这是违反法律和法理的。合乎法律及法理的意见应是，前期开发整理储备土地的企业与实际用地者之间本来没有直接的合同关系，应当是前期开发整理储备土地的企业和国土资源管理部门之间具有法律关系，国土资源管理部门与实际用地者之间发生建设用地使用权出让合同关系。在该企业和国土资源管理部门之间的关系中，国土资源管理部门从该企业之手收回建设用地，向其支付补偿款。在国土资源管理部门和实际用地者之间的合同关系中，国土资源管理局向用地者移转建设用地使用权，用地者支付出让金。支付补偿款的合理流程应为:国土资源管理局向该企业支付补偿款，实际用地者向国土资源管理局支付地价款。但实务的运作时常将上述流程做一定程度的变通，呈现给人们的流程是:国土资源管理局将建设用地使用权先出让给实际用地者，同时获取地价款;实际用地者和前期开发整理储备土地的企业依政府部门的指示而签订《建设用地使用权转让补偿协议》，实际用地者将地价款的一部分付给前期开发整理储备土地的企业，实际上是代国土资源管理局支付给前期开发整理储备土地的企业补偿款;而后，前期开发整理储备土地的企业将建设用地退回国土资源管理局;国土资源管理局再将真正拥有的“另一建设用地使用权”实际出让给用地者。本来，前期开发整理储备土地的企业拥有的建设用地使用权和用地者将要取得的建设用地使用权，是两项不同的建设用地使用权，发生联系的，只是所处的地段(宗地)相同。
三、涉及土地储备的案例分析
(一)基本案情
2006年4月5日，W市国土资源管理局从乙单位收回A号建设用地。2009年10月7日，W市土地交易中心受W市国土资源管理局委托挂牌出让A号地块的建设用地使用权。甲公司通过挂牌方式取得该宗土地的建设用地使用权，与W市土地交易中心签订了《成交确认书》。《成交确认书》规定:“请持此确认书于巧个工作日内向W市土地整理储备供应中心付清成交金额50%部分，在《成交确认书》签订之日起15个工作日内按照挂牌结果以及挂牌文件确定的内容与转让方签订《建设用地使用权转让补偿合同》。”随后，甲公司与乙单位签订了《建设用地使用权转让补偿合同》，约定乙单位保证A号地块的建设用地使用权无任何权利纠纷和争议，保证按照约定交付土地;甲公司保证按照约定分四期向乙单位支付补偿费。
