第二类问题通常集中于司法鉴定人资质问题上。在这一类质证问题中，当事人希望通过否定司法鉴定人的资格从而可以排除鉴定意见书的可采性或者申请重新鉴定。但大多数鉴定意见书附件中已经载明司法鉴定人的司法鉴定资质证书，或明确注明了其执业证书的编号。而且司法鉴定人的管理机构一般在其网站中开通了可以通过互联网络查询司法鉴定人是否有资质、是否违纪以及取得资质的时间等信息的渠道。这些信息渠道一般都是通畅的，通过查询便可以确定司法鉴定人的资质，除非当事人提供其他证据证明司法鉴定人缺乏能力或者没有资质。但在一般情况下，当事人无法提出有实质意义的证据否定司法鉴定人取得的执业资格，使得质证缺乏实质性内容。
第三类问题主要集中于司法鉴定的具体程序上。当事人希望通过对司法鉴定程序合法性的质证，以确定鉴定意见的可信性。这一质证的思路是很好的，但必须具备判断司法鉴定程序合法性的能力。当司法鉴定人就鉴定的过程、使用的技术、采用的方法回答了当事人的质证时，许多当事人却无法判断鉴定程序是否合法、使用的技术是否规范、采用的方法是否得当，而将大量的质证程序花费在司法鉴定基础知识问题上，实际上变成了司法鉴定人的一堂科普课，缺乏带质证性质的问题。由于质证程序过于简单，司法鉴定人出庭质证实际上是司法鉴定人在法庭上的说明，缺乏实质性的质证内容。
如果司法鉴定人出庭质证内容的质量不高，司法鉴定人便不积极准备出庭材料或者不愿意参加质证程序。因而，在一定程度上也会影响当事人行使质证权。因此，提高质证质量，特别是一些新领域司法鉴定意见的质证质量，将有助于提高司法鉴定人的出庭质证率，也有助于查明案件事实维护司法公正。
（四）缺乏保护出庭司法鉴定人的配套措施
我国法律对司法鉴定人的人身安全保护缺乏明确的规定。在司法实践中，更加缺乏一种长期对司法鉴定人人身安全保护的完整机制。在刑事案件中，司法鉴定人出具的鉴定意见一般对案件审理结果有着实质的意义，可能直接关系到犯罪嫌疑人有罪或无罪、罪轻或罪重的判决。因此，司法鉴定人出庭参加质证显得尤其重要。然而，司法鉴定人因易受到犯罪嫌疑人或被害人家属的威胁、恐吓、报复而不敢或不愿出庭参加质证的现象也十分突出。而且，这种人身或财产安全方面的威胁相较于一般证人而言，更加严重。司法鉴定人由于长期从事鉴定工作以及在鉴定意见书中必须签名和盖章，其个人信息更容易被暴露。案件当事人很容易获得司法鉴定人的家庭住址、工作单位、家庭成员等个人隐私信息。如果没有建立起保护司法鉴定人人身安全的保护措施，司法鉴定人很难避免犯罪嫌疑人及其近亲属、被害人的有意报复。因此，在一些重大的刑事案件中，司法鉴定人一般不愿意接受委托单位的司法鉴定请求。即使接受了委托，司法鉴定人也不敢或不愿意出庭参加质证。
