法学从整体上来看，与价值是没法脱离的，“价值问题虽然是一个困难的问题，它是法律科学所不能回避的。……在法律史的各个经典时期，无论在古代和近代世界里，对价值准则的论证、批判或合乎逻辑的适用，都曾是法学家们的主要活动”。[27]法学是有自身矛盾的知识体系，具有两种性质，一是关于事实的科学，二是关于公正与善的艺术。[28]
社会实证研究者坚持把法学的研究对象定位于“事实”，回避价值问题，把事实与价值相对立，试图以实证研究包打天下，这实际上是一种“科学主义”情结在作祟。科学主义给近代西方法学带来了结构主义方法和实证分析的方法，但其发展的极致却给现代法学造成了极大的负面影响。实证主义者持只有科学才能最终解决一切问题的“科学万能论”。这种唯科学主义的偏执观念创造了一种新的信仰模式即科学崇拜。法学方法论中科学主义的盛行，其直接后果是法学中价值主义和人的主体性的贬损。
实证研究的不充分性和偏狭性，在其产生之初就遭到激烈批判。法兰克福学派早期代表霍克海默认为，持实证主义价值观和方法论的社会学科研究者将社会看成是各种事实的综合，并且非批判性地接受世界，这与马克思在《关于费尔巴哈的提纲》中所批判的那种由于不懂得人的实践本性，而只是停留于解释世界的传统哲学理论基调是一致的。持实证主义方法论的各种社会理论形态，往往外在于历史进程或研究对象，进行单纯的反映和描述活动。这种理论活动通常追求与主体活动无关的纯客观知识，因而只能对业已发生的事件进行描述，而缺乏对现存事实的超越维度和对未来的预见功能。实证主义的核心理念是对现象的崇拜和对本质的颠覆，其要害是对现实的非批判性认同。[29]
法学界不少学者也已认识到社会实证研究的局限性。日本法学家穗积重远反对把基于经验之实验科学与基于思考之哲学或形而上学相对立，他说：“盖经验与思考，不能独立成为学问之基础。无思考之经验，徒劳无益；无经验之思考，近于空想。必于经验之结果，加以思考，始得谓完全之学问也。”[30]他同时反对社会法学自足论，认为不能因为法律属于社会现象而只用社会学的方法进行研究。[31]我国也有学者指出，“希望像实证的自然科学或其他社会科学学科研究那样，去处理历史以及当下的社会法律实践的各类对象，是种缺乏自我警醒、而又过分自信的奢望表现”。[32]“法学研究的问题可分为两类，一是价值问题，另一是效用问题。经验方法的‘局限性’在于，它通常只适用于研究与效用有关的问题，不适用于研究与价值有关的问题。对于法学的基本理论、基本概念等思辨问题，经验方法是无能为力的。”[33]
（四）片面的社会实证研究无法承受法学研究之重
