1982年《民事诉讼法（试行）》规定法院审理的行政案件，适用该法。一些地方法院就开始由民庭或经济庭受理行政诉讼案件。到1987年，各地法院根据最高法院通知规定[17]，就已经有很多成立了行政审判庭。[18]1989年4月《行政诉讼法》通过后，正式为行政审判提供了全面依据。
1970年代后期法院恢复后，曾设立信访科，解决文革期间的冤假错案。1987年9月25日最高法院告诉申诉审判庭成立，从10月4日起开始办公。[19]各地也先后设立告申庭，受理起诉，并对生效案件中，发现确有错误的，按照审判监督程序再审。
1991年《未成年人保护法》颁布，规定公检法机关办理未成年人犯罪的案件，应照顾未成年人的身心特点，并可以根据需要设立专门机构或者指定专人办理。据此，法院在传统的刑庭中分出了少年庭。1999年《预防未成年人犯罪法》规定审判未成年人的刑事案件，应当由熟悉未成年人身心特点的审判人员依法组成少年法庭进行。各级法院由此设立了常设的正式编制的独立的少年审判庭。[20]
1992年，邓小平南方谈话，中国开始建设社会主义市场经济，整个中国政治、经济、社会形态出现了更远超过此前14年的巨变。为“适应改革开放和经济建设发展的新形势”，时任最高法院院长任建新就提出：在省高院以上设立执行庭以及其他法院可以设置知识产权庭、房地产庭等更多的庭的问题，同意最高法院和各地法院 “理顺法院内部机构，使法院内部机构设置更为合理”。 [21]此后的1993年8月5日，北京高院、北京中院即在全国首先成立知识产权审判庭。1995年最高法院成立知识产权办公室，设在经济审判庭内。1996年11月，全国人大常委会讨论通过最高法院成立知识产权审判庭。[22]
1995年，法院的法警部门经中央编委批准，在各级法院正式列编，作为法院内设机构。在基层法院设法警大队，中院设法警支队，高院设法警总队，最高法院政治部设警务部，负责押解、看管、值庭、安检、送达法律文书、参与民事行政案件执行、强制措施实施等。[23] 1995年后根据国务院、中央军委《关于中国人民武装警察部队内卫执勤任务范围的规定》，全国武警部队不再承担执行死刑任务，陆续交由当地法院法警直接承担。[24]
以上的法院内设机构设置，大多是具有共同性的，此外，由于《人民法院组织法》的授权性规定“根据需要可以设其他审判庭”给了各地法院很大的裁量权，各地都根据本地特点和需要设立了各式各样的审判庭。比如深圳中院，1988年7月成立了涉外经济庭（经济二庭），专门审理涉外、涉港澳台案件，当年还设立了经济调解中心。1989年1月，成立了房地产庭，1993年12月，成立了破产庭。[25] 湛江中院设立有不按照案件类型划分的开发区庭[26]。而在各地的基层法院，情况更是繁杂，往往根据本地特点，设有五花八门的各种审判庭，比如当地信用社比较多、金融信贷比较发达的就设有金融庭，建筑业比较发达的就设有建筑庭[27]，当地是肉鸡生产特色县，肉鸡生产、加工很发达，相关的购销合同纠纷等比较多，就设有畜牧审判庭。[28]此外，很多基层法院还设有大量派出法庭，在2005年全国法院法庭工作会议之前，许多基层法院实行“一乡一庭”，所以一个大的基层法院的实际庭室数量甚至超过中级法院[29]。
以上这种系统内部不断的分化、整合以应对社会复杂性的一个非预期后果就是，这种功能应对指向了自身，出现了自反身性（self-reflexivity）[30]，即复杂性应对本身使得自身也产生了复杂性问题，比如庭室之间的冲突、法官行为监控和庞杂的行政事务，从而产生克服新的复杂性问题的需要。为此，法院内部设立了大量的辅助性事务性机构，专门管理由于大量庭室设立出现的行政事务，还基于内部权力制约，将一些庭室的权力划出专门行使，并设置了对这些众多庭室进行内部监督的机构：
肖扬第一任期（1998－2003年）推出“一五纲要”，在法院内部的制约机制上，沿用了此前任建新时代已经开始的立审分立和审执分立[31]，强调“三个分立”，其一就是突出构建“大立案”模式，将各审判庭、执行庭、基层法庭的立案权全部收回，法院告诉申诉庭拆分成立案庭、审监庭。
1994年之后，中共中央突出强调加强和改进思想政治工作。1996年法院机构改革，各级法院的人事部门扩大职能，将政工、人事工作统一协调管理起来，成为与检察院的政工机构一样的政工部门，最高法院、高院设政治部，中院设政治处，基层法院设政工科。[32]
在法院民事、刑事、行政各庭都有大量的书记员、临时聘任制书记员，原有各庭自行管理。1999年后，最高法院提出书记员单独职务序列[33]，各地试行对书记员单独管理，如广州中院就设了一个专门管理书记员的机构书记员处。
对于法院分庭原因的以上两种归类，只是一种粗分，在细目上，一些庭的设置，更多的是两方面的考虑。如执行庭的设立即如此：文革后期法院恢复后民事案件极少，没有经济案件。1982年《民事诉讼法》（试行）虽然专编规定了执行程序，但是作为程序法并没有逾越组织法的规定，要求各级法院设立执行庭。各级法院民商事案件仍然采用“审执合一”方式。1984年《中共中央关于经济体制改革的决定》[34] 之后，民商事案件迅猛增加，经济案件和民事案件的执行成为突出问题。原来因为执行案件少，可以由相关庭自行执行，由于案件数量激增，更由于审执合一带来的审判兼执行人员的权力滥用，成为法院考虑将执行庭单设的一个因素。1991年《民事诉讼法》规定基层法院、中院根据需要，可以设立执行机构。[35]
