历经三十年的持续激增，法院内部结构样态发生了巨大变化，内设庭室越来越多，部门分工日益细化。
三、科层化渐强下的司法自主、自立
法院事权扩大——功能分化、组建新的审判庭——编制增加、人员扩大——申请更多的事权——功能再分化，组建新的审判庭或旧的审判庭升格，然后再拆分——编制增加、人员扩大……这样的多回合内向互动后，法院形成了今天的巨大规模。
截止到2006年，最高法院内设庭室就包括办公厅、政治部、立案庭、刑一庭、刑二庭、刑三庭、刑四庭、刑五庭、民一庭、民二庭、民三庭、民四庭、行政庭、审监庭、执行办公室、研究室、外事局、司法行政装备管理局、监察室、机关党委、离退休干部管理局，和两个事业单位机关服务中心（对外称机关服务局）、司法科学技术研究所。其中政治部又内设组织人事部、法官管理部、宣传教育部、警务部四个和各庭室平级的正局级单位。[60]这还不包括人民法院报、国家法官学院等最高法院直属的事业单位。地方法院的情况亦如此[61]。在基层法院，虽没有上级法院那么多的机构编制，但是根据最高法院机构改革意见规定基层法院的派出法庭不占其内设机构的数额。在很多基层法院，即使改变“一乡一庭”，设立中心法庭的情况下，一个大的基层法院的实际机构数量也相当可观。[62]这就是我前文称中国法院是直筒状的外观的原因。
中国法院自上而下如此庞大的规模对中国法律运作产生了巨大的影响。就整个法律运作而言，一旦形成了数量庞大的法官群体，那么就一如任何产生出来的群体会偏离设立之初的目标设计，形成独立的个体利益，按照自身的逻辑运行。其中最突出的表现就是诱导需求：其一，由于法院内部设置了更多的庭，每个庭都配齐了庭长、副庭长、审判员、助理审判员、法官助理、书记员、内勤等人员，搭起了一个或几个合议庭的架子。但由于受季节、年度、年代长时段影响及偶然性事件影响，发案不均衡，案件多的时候，会增编进人、补充、招考法官或从别的单位抽调、借调一些人员，但是一旦案源减少，又有大量的人员闲置无事。其二，法院内部，除了国家财政、地方财政供给的工资、经费之外，还有以法院作为会计单位自创的一些福利收入。在各个审判庭，都有着各种案件办理的创收。案源不足的时候，庭室的收入下降，为了维持保证庭里的开支，保障庭里福利不致下降更多，一方面，最直接的想法就是多开辟案源，因此法院主动出击“上门揽案”就成为许多一审法院民事庭的常规现象。而主动揽来的案件，很难做到公正审判以及无利益偏斜。另一方面，这种不断扩大的供给能力逐渐反映到决策层，学界开始不断呼吁创制更多的法律，并通过不断扩大的法治意识形态宣传呼吁更多事件和社会关系成为“可诉化的”，疾呼诉权是第一人权，希望公民放弃其他纠纷解决方式，更多的以审判方式解决，以法治文明进步的政治语词正当来遮蔽实际的个体利益动机。结果，法律越来越多，诉讼越来越多，公正和秩序可能未必都越来越改善。这种对人员、编制、内设机构扩大的持续不断的诉求，还使得法院自己不得已被施加于一种受制于外力的状态。因为多年来法院总是希望审判自主，独立于党委、政府的不正当干涉。但是，干部由党委管理，编制由地方政府编委管理。法院既要扩大自己的利益，还要不受干预，要独立，最后是自己将自己置于一种不自主的地位。
由于法院内设庭室增多，内部成员人数激增，出现了减少信息费用和进行内部管理两个需要，这样两个因素聚合在一起使得法院的审判日益顺从于一种行政事务上的科层制。最高法院也正是希望通过事权的向上集中实现内部的控制，在最高法院进行司法改革的纲领性文件中，态度很明确：“进一步强化院长、副院长、庭长、副庭长的审判职责，明确其审判管理职责和政务管理职责，探索建立新型管理模式，实现司法政务管理的集中化和专门化。”[63]庭长、主管院长、院长对承办法官的行政上的优势扩展到审判权上，使得程序法和实体法的很多设计受到了组织结构的制约。
这在将死刑核准权收归最高法院后的刑庭表现得最充分。最高法院2006年后增加了三个刑庭、500名法官，在这个五个刑庭中，除刑二庭外，在每一个刑庭内，按照地域分工所管的区域都是两个政治、经济、文化发展差异较大的大区结合而成的：比如刑四庭为西北的陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆五省区加华东的山东、浙江、福建、安徽四省[64]。这样，最高法院收回死刑复核权以后，这么多案件，都上审委会是不可能的，而如果不上审委会，由各个庭和庭下的片区（上述刑四庭就包括西北片、华东片）、合议庭来对各个案件进行决定，五个庭之间，每个庭内的各个片之间，每个片的各个合议庭之间的案件冲突可能无法避免。死刑案件的尺度事实上依然得不到统一。在把握死刑核准的尺度上，同样是一个刑四庭负责的西北五省跟华东四省肯定不能做到一致，尤其是对于数额犯；即使在一个区内差异也会很大，比如西南的经济中心重庆跟西藏。由于刑庭众多，即使是开审判长会议，都是有几十个人参加，不可能是在充分协商后形成有意义的讨论、产生有效的结论。如此标准的不统一带来的恶果，会更甚于由省级高院核准的时候。而且原来下放的那一部分死刑核准案件的风险是由三十一个省级高院分担的，现在全部收回最高法院一家后，风险责任全部自担。[65]
面对纷繁的各式各样的案件，为了做到判决结果的一致，在重大案件上可以做到“一个声音”[66]，最高法院由两名副院长分管刑事审判，并晋升原最高法院刑一庭庭长为专职审判委员会委员（副部级），2008年6月之前，原分管刑事审判工作的一名副院长退居二线后依然保留审判委员会委员一职。考虑到刑事审判业务的庞大，一般的案件是庭长之间协调，重要的案件是在主管副院长、专职审委会委员之间协调。最高法院又在审委会之下设置了一个审委会刑事专业委员会，大量复杂、重大、有争议的案件是开审委会刑事专业委员会来解决。只有特别重大、复杂、疑难的案件，由院长召集上院审委会。最后产生的结果是仅在刑事审判方面，按实际权力位阶就形成了以下的内部控制的塔式序列：
1、院长
……审判委员会
2、一个负全责的副院长（党组副书记）
