诚然，职责明确了，如何实施尚存在许多问题，急需通过实证研究加以解决。诸如，在侦查、审查批捕、审查起诉等阶段排除非法证据程序的名称、启动、由谁主持、参加人员、程序设计和适用排除的文书等等。总之，要改变过去传统的做法，增加透明度，在公开性、诉讼性上设计非法证据排除程序。
以刑事诉讼法规定的证明标准为核心，实现全面客观收集审查证据与依法排除非法证据并重。修改后的刑事诉讼法对收集、审查、运用证据的标准作出了新规定和新要求。第53条规定：“对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。证据确实、充分，应当符合以下条件：(一)定罪量刑的事实都有证据证明；(二)据以定案的证据均经法定程序查证属实；(三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。”这一规定不仅贯彻了“证据裁判原则”和对如何正确对待被告人口供问题作了原则性的规定，而且对证据的收集审查达到“确实、充分”的条件和标准也更加明确，为办案人员全面客观收集审查证据，依法排除非法证据提供了法律标准。第一，收集审查证据全面客观要做到“定罪量刑的事实都有证据证明”，一是要坚持证据裁判原则，二是要用证据认定定罪事实和量刑事实，即证明、案件定罪与量刑事实都要做到全面客观；第二，坚持证据的合法性的基本属性，做到“据以定案的证据均经法定程序查证属实”，非法证据必须依法予以排除，凸现了“证据问题也属于程序问题”的价值取向，坚持证据的合法性原则，尤其要凸现庭审的功能与作用，要求侦查机关对证据的调查与收集从传统的破案功能转向定罪功能，不仅“破得了”，还要“定得了”，检察机关要以此为标准引导侦查，而且还要做到“诉得出，定得了”，要以庭审为标准，这是“均经法定程序查证属实”的基本要求；第三，对全案证据的收集、审查，要做到“对所认定事实已排除合理怀疑”。即收集、审查证据和对全案事实的认定必须排除合理怀疑，排除证据前后不一和证据与证据之间的矛盾，以及全案证据与案件的发生、发展的过程和结果的一致性。同时在收集和审查过程中要学会运用经验法则和逻辑推理，做到事实的认定合情合理，正确处理和发挥办案人员以事实为根据的自由裁量权。
