5.农业部玉米生物学与遗传育种重点实验室：主要开展玉米优异种质资源发掘、改良与创新利用，重要性状形成的生物学基础，高产、抗病虫、抗逆、优质等性状基因定位、克隆与功能鉴定，转基因、分子标记、分子设计等育种技术研究，为玉米新品种培育提供新材料、新技术。
　　6.农业部薯类作物生物学与遗传育种重点实验室：主要开展薯类作物优异种质资源发掘与利用，高产、优质、抗旱、抗病虫、优质等性状基因定位、克隆与功能鉴定，细胞工程、分子标记等育种技术研究，为薯类作物专用新品种培育提供新材料、新技术。
　　7.农业部大豆生物学与遗传育种重点实验室：主要开展大豆优异种质资源发掘与创新利用，重要性状基因定位、克隆与功能鉴定，杂种优势机理，转基因、分子标记、分子设计等育种技术研究，为大豆新品种培育提供新材料、新技术。
　　8.农业部棉花生物学与遗传育种重点实验室：主要开展棉花遗传多样性，高产、抗病虫、抗逆等性状基因定位与克隆，纤维品质性状形成机理，超高产分子机理与品种设计，抗逆机理与环境调控，以及育种新技术研究，为棉花新品种培育提供新材料、新技术。
　　9.农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室：主要开展油料作物和新型能源植物种质挖掘与创新，油脂与蛋白质形成的生物学基础，功能基因组学、现代育种理论方法与技术，油料质量安全标准与检测技术等研究，为油料作物新品种培育提供新材料、新技术。
　　10.农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室：主要开展蔬菜、果树、花卉种质资源挖掘与创新利用，重要性状基因克隆和育种技术，栽培生理、抗性调控与有害生物防治，以及果树等砧木筛选等研究，为园艺作物优质、高产、高效生产提供理论与技术支撑。
　　11.农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室：主要开展橡胶树、木薯、甘蔗、热带果树、香饮作物等热带植物优异种质资源的收集、发掘与创新利用，抗逆、高产等重要性状基因的克隆与功能解析，新品种选育和栽培生理等研究。
　　12.农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室：主要开展猪、牛、羊、鸡、蜂、蚕等动物遗传资源保护与创新利用，重要经济性状的功能基因组和转基因分子标记辅助选择，胚胎工程及胚胎发育过程中的分子调控，动物繁殖和新品种培育的理论与技术研究。
　　13.农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室：主要开展淡水渔业种质资源创新利用与遗传育种、淡水养殖生态调控与环境修复、淡水健康养殖、资源增殖、生物多样性保护与利用的理论和技术研究等。
　　14.农业部作物有害生物综合治理重点实验室：主要开展农作物重要有害生物的生物学、成灾规律、监测预警和综合防治的技术基础研究，包括有害生物发生与环境的关系、有害生物-寄主-天敌协同进化机制、作物对有害生物抗性机制与利用、有害生物对农药抗性机理与治理，以及有效的各种防治方法与技术等。
　　15.农业部兽用药物与兽医生物技术重点实验室：主要开展兽用药物的分子设计、作用机理，药物的体内代谢与毒性机制等研究；开展主要家禽与水生动物传染病、重大人畜共患病病原的免疫机理与防控机制、新型疫苗与佐剂、新型诊断制剂、基因工程疫苗、兽用生物制品工艺与质量控制等研究。
　　16.农业部动物疫病病原生物学重点实验室：主要开展家畜与外来疫病、重大人畜共患病病原的致病机理、免疫机理与防控机制，动物疫病诊断与监测，动物传染病病原生态学与流行病学，病原基因组学与蛋白组学，分子致病与免疫机理等研究，研制新型疫苗与新型诊断制剂等。
　　17.农业部海洋渔业与可持续发展重点实验室：主要开展海水养殖生物基因资源发掘与遗传育种、海洋渔业资源评估与生态环境监测、海洋生态系统动力学、海水健康养殖、资源增殖、远洋与极地渔业资源开发的理论和技术研究等。

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