（四）会同有关部门培育和管理交通运输市场和交通基础建设市场，建立完善信息、服务体系，引导交通运输业优化结构、协调发展。
（五）负责全国公路及其设施的建设、养护、管理和规费稽征，负责汽车维修市场、汽车驾驶学校和驾驶员培训工作的行业管理，指导城乡客、货运输的衔接协调工作。
（六）负责全国港航设施的建设、养护、管理和规费稽征，负责水上港航监督、船舶及海上设施检验、通信导航、救助打捞、船舶代理、外轮理货、港口、航道和港航设施建设使用岸线的行业管理。
（七）指导交通行业的体制改革和企业管理工作，负责部属单位国有资产的管理和保值增值的监督。
（八）指导交通行业的精神文明建设和职工队伍建设，组织、指导交通行业人才预测、教育、培训、交流和劳动工资工作，管理部属单位的主要领导干部，管理和指导交通系统的公安工作。
（九）负责多边和双边政府间有关交通方面的涉外工作，负责利用外资、开展国际交通合作与交流工作，归口管理公路、水路方面与国际组织有关的事宜，维护我国公路和水路运输权益。
（十）制订交通科技政策、技术标准和规范，组织重大科技开发，推动行业科技进步。负责归口的交通工业产品认证和质量监督。
（十一）协同或会同有关部门制定投资、价格、税收、信贷、劳动工资、外汇和其他有关交通行业的经济政策。
（十二）承办国务院交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，交通部设１３个职能司局和机关党委。
（一）办公厅
组织协调部机关工作，负责值班、文秘、政务信息、机要、保密、信访、档案工作，组织交通行业政策研究工作和起草部的重点报告、综合性文件，负责有关重要会议的组织工作，负责对台工作，负责机关财务、房产等后勤行政管理工作。
（二）体改法规司（精神文明建设办公室）
指导交通行业法制工作，负责行业立法的协调事宜，管理交通行政复议工作；指导交通行业体制改革和企业管理，管理部属企业（公司）的审核、审批及节能工作；负责交通行业作风建设、宣传报道和指导交通系统的思想政治工作。
（三）综合计划司
负责交通行业发展战略研究和规划、计划、统计、信息工作，组织制订和综合平衡公路、水路交通行业发展规划、中长期计划和年度计划，研究制订交通产业政策、投资筹资政策，负责大中型、部限额以上固定资产投资项目的立项审查和港航设施建设的岸线布局规划及使用审查，负责交通重点建设工程后评估工作，管理外资引进和设备进口工作，组织管理交通行业统计预测和信息引导工作，负责交通战备、交通扶贫综合管理工作。
（四）财务会计司
