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组织制订交通行业有关的财务会计规章、制度，负责部属单位国有资产管理和保值增值的监督，管理非运输价格，管理专项资金、预决算、外汇、信贷、税收及利用外资有关的财务工作。
（五）人事劳动司
负责部机关人事和部属企事业单位领导班子的管理工作，归口管理专业技术干部、人才交流、干部培训和智力引进工作，负责机构编制的管理工作，管理部属单位劳动工资、劳保和医疗卫生工作，制订交通行业劳动、工资、劳保政策和标准，培育交通劳务市场。
（六）公路管理司
归口管理公路运输、基础设施建设和维护、管理工作，组织制订公路行业的政策、规章、标准、规范和定额，参与制订公路行业规划、中长期计划和年度计划，培育管理公路运输和建设市场，负责大中型和部限额以上公路建设项目设计文件审查并监督协调项目实施，协调和审批国际、跨省线路，拟定、实施国际运输合作协议和运输协定，指导城乡客、货运输的衔接协调工作，负责公路运输价格管理，负责汽车维修市场、汽车驾驶学校和驾驶员培训工作的行业管理。
（七）水运管理司
负责水路运输行业管理和运输组织管理，制订行业管理规章，参与制订水运行业规划、中长期计划和年度计划，负责水路国际国内运输、船舶代理、外轮理货和水运设备等行业管理工作，协调和审批国际、跨省航线，组织实施国家重点、紧急物资的运输，培育管理水运市场，管理水运价格和港口收费，拟定、实施国际运输合作协议和运输协定。
（八）基建管理司
负责基本建设综合工作，制订水运基建行业规章、标准、规范、定额，参与制订水运基本建设规划、中长期计划和年度计划，负责大中型和部限额以上水运建设项目设计文件审查并监督协调项目实施，负责港航设施维护管理工作，培育管理水运基本建设市场。
（九）科学技术司
管理和指导交通科技工作，制订行业科技政策、中长期科技发展规划和年度科技项目计划，组织实施交通重大科技项目、政府间科技合作项目和国内外科技交流，组织科技成果鉴定和推广应用，培育交通行业科技市场，归口管理交通标准、计量工作。
（十）教育司
管理和指导交通教育工作，制订行业教育发展规划和人才培养计划，管理部属普通高等教育、交通系统成人教育和职业技术教育，负责部机关职工教育的组织工作。
（十一）外事司
归口管理交通外事工作，负责管理政府间有关交通运输的对外经济技术合作以及与国际组织有关的事宜。
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