特级保护区是全面体现丹霞山地质、地貌、遗迹和天然名胜的区域，包括金龟岩-金龙山、大石山和大湖坑区域。
一级保护区是特级保护区之外的典型丹霞地貌分布区，包括丹霞景区的大部、金龟岩、大石山特级保护区外围、飞花水景区中部、仙人迹景区南部、五马山小区等。
二级保护区是一级保护区的外围，对一级保护区起保护和缓冲作用的区域。包括大部分河谷盆地和丘陵地区。
三级保护区是丹霞山内，以上各级保护区之外的区域。
景观环境保护带是三级保护区以外与外围公路之间的丘陵平原范围。
第十六条 丹霞山管理机构应当按照保护范围设立永久性界桩或者其他边界标志。任何单位和个人不得移动或者损坏。
第十七条 特级保护区内禁止一切人工建设及其他影响景观和生态环境的活动。
一级保护区内禁止建设度假村、宾馆、招待所、培训中心、疗养院等服务设施，除总体规划确定的道路外，严禁修建公路。
二级保护区内严格限制与风景游赏无关的建设。
三级保护区内可以建设必要的旅游服务点，但是限制建设度假村。
景观环境保护带内禁止建设污染环境的项目和烧荒，禁止开辟用材林生产基地。
第十八条 丹霞山下列自然景观和人文景观应当予以严格保护：
（一）地形地貌、山体、地层、岩石、古生物化石等地质遗迹；
（二）湿地、瀑布、河溪、景观农田、水体、林、竹木植被、野生动植物、特殊地质环境等自然景观；
（三）文物古迹、原有建筑、石雕石刻等人文景观及其原生地；
（四）古建筑、古山寨、古墓葬、古遗址、碑碣、摩崖石刻等文物古迹。
第十九条 丹霞山内的单位、个人和游览者，应当爱护景物和自然环境，不得有下列行为：
（一）破坏景观景物和景区设施；
（二）烧田坎、野炊、燃放烟花爆竹；
（三）在非指定地点吸烟、焚香、生火；
（四）炸鱼、毒鱼、电鱼；
（五）放养牲畜、家禽；
（六）法律、法规、规章禁止的其他行为。
