水稻良种补贴面积分别在早稻、中稻、晚稻插秧结束后，分别组织填报，玉米良种补贴面积在中玉米播种结束后组织填报。补贴面积经层层审核后，由地级市农业局、财政局联合行文上报自治区农业厅、财政厅，上报时间：早稻7月25日前，中稻9月10日前，晚稻10月30日前，玉米8月30日前。
2009年底前，自治区农业厅会同自治区财政厅，将全年核实面积上报农业部、财政部。
（二）及时发放补贴资金
1.预拨资金。补贴资金实行预先拨付、年终据实结算的方式。自治区财政厅收到中央财政预拨补贴资金后，依据上年各地的实际种植面积，及时将中央预拨补贴资金拨付各地。
2.逐级发放。自治区农业厅、财政厅根据各地的申请，及时批复补贴面积，并下达相应的补贴资金。各级财政部门依据上级部门的批复面积，及时将补贴资金按预算级次逐级下达到市、县（市、区）财政局，县级财政部门再拨付到乡镇财政所，乡镇财政所依据上级农业、财政部门的批复文件和补贴清册通过农民补贴信息网络系统“一折通”将补贴资金存入种粮农户的补贴账户，农户凭有效证件到金融部门领取补贴款。
3.据实结算。当自治区财政厅收到中央财政年终补拨的补贴资金后，根据各地实际面积进行结算，如果出现结余资金，将结转下年使用。
（三）建立农户良种补贴明细档案
由自治区农业厅、财政厅统一制定格式造册登记，由村委会逐户核实、填写，经审核合格后在乡镇政府建立纸质和电子档案，县级农业部门也要备份保存电子档案。在补贴过程中形成的所有登记表、补贴资金发放清册等原始凭证都要立卷归档保存。
（四）加强补贴资金的使用管理
中央下达的补贴经费和地方配套的工作经费，都严格按照中央和自治区的要求执行，县、乡设立良种补贴资金专账，实行专账管理，严格做到专款专用。补贴资金执行“一折通”统一发放和实名制管理，严禁截留挪用和代扣收费。各级审计、监察部门参与补贴项目实施的监督工作。
七、保障措施
（一）强化协调配合。各级各有关部门要从执政为民和确保粮食安全的战略高度，增强责任感和使命感，要高度重视良种补贴项目实施工作，切实把实施补贴项目作为稳定粮食生产、增加农民收入的重要举措来抓，加强领导，明确分工，落实责任，密切配合，形成强大合力，推动项目顺利实施。各级财政、农业等部门要各司其职，各负其责，为良种补贴项目搞好服务。
