根据上述职责，省水利厅设14个内设机构。

　　（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、宣传、保密、保卫、信访、政务公开、新闻发布工作；承担机关财务管理工作。

　　（二）规划计划处。拟订全省水利发展战略规划，组织编制水利综合规划、专业规划和专项规划；负责组织大中型水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计的编制、审查申报工作；组织拟订全省中长期水供求计划；承担水工程建设项目合规性审查工作；负责省管及地方项目设计的审批；负责全省水利综合统计和分析工作。

　　（三）水政水资源处（河南省节约用水办公室）。拟订全省水利法制建设规划和起草有关规章制度并监督实施；负责全省水政监察、水行政执法和涉水违法事件的查处工作；承担水事纠纷协调工作；指导普法教育工作；承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；核定水域纳污能力，审查入河排污口的设置，提出限制排污总量的意见；指导计划用水和节约用水工作；组织编发河南省水资源公报。

　　（四）财务处。负责部门预决算的编制和执行；指导机关和直属单位的财务管理工作；指导全省水利资金监管和水利价格、收费工作；负责直属单位国有资产监管和会计事务管理工作；提出有关水利税收、信贷、财务、价格和收费等方面的政策建议。

　　（五）人事劳动处。负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训工作；指导水利行业职工队伍建设。

　　（六）科技教育处。组织开展对外经济、技术合作与交流；组织重大水利科学研究、技术引进和技术推广工作；指导厅属科研机构、技术推广机构和学校工作。

　　（七）建设与管理处（安全监督处）。指导全省水利工程建设、质量和水利建设市场的监督管理；负责水利工程建设项目的开工审批工作；拟订省水利行业技术标准、规程规范并监督实施；拟订全省水利工程建设和管理制度；组织省重点水利工程建设和验收；组织实施农村水电电气化县建设，指导农村小水电及小电网建设；负责水利工程建设与运行管理；负责水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导江河湖库的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查；负责河道采砂管理；指导水域的综合治理、开发利用以及水利旅游、水库养殖和水利行业的供水工作；承担水利行业安全生产工作；指导水库、水电站大坝等水工程的安全监管，组织实施水利工程安全监督；指导全省水利公安工作。

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