市监察局：负责监督检查相关职能部门长效管理职责的履行情况。
市人事局：根据市委、市政府有关文件精神，负责指导、督促、配合区级城管、林水（农业）部门做好绕城公路内未整治河道管理移交过程中的人员划转工作。
市财政局：负责城市河道（包括未整治河道）长效管理资金的落实。
市环保局：负责督促做好与河道整治工作相关排污企业的雨污分流、截污纳管工作，并对未纳管企业向河道排放污水的行为进行监督查处。
市林水局：负责指导、协助做好城市河道引配水工作；做好除取水许可外水行政管理法律法规设定的行政许可和行政执法的委托工作以及绕城以内未整治河道的移交工作；指导、督促各区做好绕城公路内未整治河道管理移交工作。
市交通局：负责城市河道中通航水域的水上交通航道行政管理工作；负责城市河道中通航水域的航道、码头安全监督管理及船舶防污染监督管理工作；负责城市河道中通航水域的营运船舶运输管理及相关水运企业经营资质监督管理工作；负责指导、督促航运船舶执行并落实城市河道长效管理相关规定。
市公安局：负责做好城市河道水上治安管理工作；负责做好城市河道绿化带或滨河公园内、桥下流浪乞讨人员的遣散工作。
杭州西湖风景名胜区管委会（市园文局）：负责指导、协调与城市河道相关的园林绿化工作；负责做好有关引配水和防汛工作，以及辖区内城市河道长效管理工作。
市电力局：负责做好城市河道有关供电设施的电力供应保障工作，督促城市河道设施各专变用户做好安全用电措施；做好过河电力管线的日常维护和管理工作。
市工商局：根据相关规定，做好城市河道周边商家、店家和经营网点的经营管理工作；配合做好沿河商家、店家、经营网点截污纳管的相关管理工作。
市民政局：负责牵头做好城市河道绿化带或滨河公园内、桥下流浪乞讨人员的救助管理工作；做好河道名称的命名工作。
市旅委：加强对运河及城市河道旅游景点、旅游线路的开发利用和整合，积极开展旅游宣传促销工作；配合相关部门做好城市河道范围内旅游设施的安全管理工作。
市运河综保委、钱江新城管委会：做好相关河道综保工程实施工作，并组织实施相应的截污纳管工程。
市城建投资集团：做好沿河污水收集输送处理系统的接收、运行和维护工作；配合做好截污纳管工作；做好所属过河管线的管理监护工作。
六、资金管理
