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（二）推进人事制度改革
乡镇卫生院院长、社区卫生服务机构主任，由县（区）级卫生部门会同有关部门公开选拔、择优聘任，实行任期目标责任制。卫生技术人员实行资格准入制度，医疗岗位必须具备执业医师资格。基层医疗卫生机构在核定的编制内，按照人社部门核准的设岗方案，所有人员实行竞聘上岗、全员聘用、合同管理。分流人员采取多种方式妥善安置，落实参加基本养老保险、医疗保险、失业保险等相关待遇，确保分流安置人员的稳定。
（三）推进分配制度改革
根据基层医疗卫生机构的功能定位，科学核定其承担的工作任务。建立以服务数量、质量、效果和居民满意度为核心，公开透明、动态更新、便于操作的工作任务考核机制。卫生部门组织对基层医疗卫生机构进行绩效考核，财政、人社等部门对考核结果进行审核，考核结果与经费补助挂钩。
建立按岗定酬、按工作业绩取酬的内部分配激励机制，实行绩效工资。基层医疗卫生机构依据公共卫生服务、基本医疗服务和公共管理岗位任务制定内部分配管理办法，定期组织对职工绩效进行考核，考核结果与职工个人收入挂钩。
（四）推进基本药物制度改革
基层医疗卫生机构实施国家基本药物制度，执行国家确定的基本药物目录的有关规定。基本药物按照省的有关要求，统一网上集中招标采购、统一定价、统一配送到基层医疗卫生机构，取消药品加成，基本药物实行零差率销售。政府举办的基层医疗卫生机构使用基本药物的比例应占使用药物的80%以上。执行国家基本药物临床应用指南和基本药物处方集，确保规范使用。在过渡期内，基本药物按照省招标等情况统一确定采购品种、采购限价，统一确定生产企业及配送企业条件，由市卫生局统一招标配送企业。基层医疗卫生机构现有库存的基本药物药品全部按进价销售，不得高于国家指导价格和省采购价。
（五）推进政府补偿机制改革
各区市县政府是实行基层医疗卫生机构综合改革的责任主体。对政府举办的基层医疗卫生机构，在严格界定功能和任务、核定人员编制、核定收支范围和标准、转变运行机制的同时，各区市县政府负责保障按国家规定核定的基本建设、设备购置、人员经费和其承担的公共卫生服务的业务经费，使其正常运行。基本建设和设备购置等发展建设支出，由区市县政府根据基层医疗卫生机构发展建设规划统筹安排；人员经费和业务经费等运行成本通过服务收费和政府补助补偿，政府补助按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的办法核定。医务人员的工资水平与当地事业单位平均工资水平相衔接。
对社会力量举办的基层医疗卫生机构，其基本医疗服务通过医疗保险基金付费和个人付费补偿；其承担的基本公共卫生服务通过公共卫生服务经费，按照政府购买服务的方式进行补偿；同时在基本建设、设备购置以及人员培养等方面给予一定扶持。
政府对一体化管理的行政村卫生室承担的公共卫生服务和实行药品零差率销售给予合理补助。
多渠道筹集补偿资金。基层医疗卫生机构的基本医疗服务主要通过城镇职工医疗保险基金、城镇居民医疗保险基金、新型农村合作医疗基金和个人付费补偿。在所有基层医疗卫生机构就诊的城乡参保居民，综合改革后的挂号费、诊查费、护理费、床位费和部分医技诊疗费中的增加部分，从医疗保险基金直接结算拨付给基层医疗卫生机构，不再计入医疗机构的收费价格；基层医疗卫生机构的基本公共卫生服务通过城乡基本公共卫生服务经费保障机制补偿；突发公共卫生事件处置任务由政府按服务成本核定补偿；提高城乡居民在基层医疗卫生机构就医的报销比例，引导城乡居民在基层医疗卫生机构就医；提高患者医疗费报销比例，使医疗费的报销比例高于药品费。
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