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人事处负责全省对口支援工作的支农队员抽调、监督及考核管理工作，严格执行晋升高级专业技术职称前完成一年的对口支援工作任务政策。
医政处、中医局负责全省三级医院对口支援县级医院（含中医院）工作的实施和绩效评估任务。
农卫处负责全省二级医院对口支援乡镇卫生院工作的实施和绩效评估任务；负责制订项目资金管理使用办法，拟定资金分配使用计划。
规财处负责资金经费补助的审定落实和监督工作。
其它相关处室根据各自职责做好相应工作。
领导小组在省卫生厅农村卫生管理处设立项目办公室，负责日常的组织管理及业务指导工作，切实加强对试点工作的组织领导、宣传发动和具体实施。项目办的职责如下：
（1）负责制订项目技术指导方案并组织实施，负责项目技术服务的指导、监督和评价，对项目的各项活动提供技术支持，及时总结、交流试点经验，向项目领导小组提供决策建议和方案。
（2）负责制订下派医疗队管理办法，对下派人员进行审核选派，定期不定期组织抽查医疗队日常工作，组织对下派人员进行跟踪考核。
（3）负责制订试点项目实施方案、督导评估方案，组织安排对项目工作的各种培训和检查督导，组织分阶段项目评估，发现和解决项目实施中存在的具体问题，及时总结推广典型经验和先进事迹，为项目领导小组表彰奖励推荐做出突出成绩的单位和个人，组织召开项目工作会议，负责处理项目办日常事务。
（4）负责制订试点项目宣传教育计划，负责项目各项宣传教育工作的策划、组织和实施，指导、协调各级开展宣传教育工作。
（三）项目实施：分为四个阶段：即方案制订、宣传动员、组织实施、评估总结（见项目计划进度安排表）。
方案制订阶段：主要是依据国家正式下发的《实施方案》要求，结合甘肃省实际，制定具体《实施方案》，制定相关配套文件。同时成立项目组织领导机构，确定选派抽调医疗队人员。
宣传动员阶段： 根据制定的项目宣传教育计划，开展前期宣传发动工作，在各种媒体宣传此项工作的目的、意义及项目工作中涌现出的典型，同时，对各级管理人员及选派人员进行培训，明确工作职责和具体任务。
组织实施阶段：项目全面启动实施。召开项目启动会，组织全省418支医疗队到达受援县，按照项目进度安排开展各项工作。
评估总结阶段：分为项目中期评估和终期评估，中期评估主要是评估项目的进展情况，发现问题，及时总结，修整方案。终期评估是对项目整个执行情况进行评价，对项目工作进行全面的分析与研究，评价项目工作的成效，为全省及全国城乡医疗卫生机构万名医师对口支援工作提供可借鉴经验和成功的运行机制。
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