为提高参合农民的受益水平，各地要合理控制新农合基金结余，当年基金结余比例控制在15％以内（含当年提取的风险基金），累积结余不超过当年统筹基金的25％（含风险基金）。年底基金结余较多的地方，应按照有关规定开展二次补偿工作。
存在基金超支风险的地方要认真分析原因，加强住院率的控制和医疗费用的监管，适当调整统筹补偿方案，保障基金安全。
（三）加强定点医疗机构管理
各级卫生行政部门要加强对定点医疗机构服务行为的监管，将定点医疗机构做好新农合工作情况纳入日常工作考核指标体系，对出现的违规违纪行为要按照有关规定严肃处理。注重发挥定点医疗机构服务协议在新农合管理中的作用，实行动态管理，建立定点医疗机构准入退出机制。要对定点医疗机构的检查、用药等行为进行严格监管，合理控制药品费用和大型设备检查；落实新农合目录范围外的医药费用比例限额管理，定点医疗机构目录范围外医药费用超过规定比例的，县级以上医疗机构当年评价不合格，并且列入医院等级评审内容之一；乡镇卫生院取消当年绩效考评奖励。
积极开展支付方式改革，控制医药费用不合理支出，可推广单病种定额付费和限额付费制度，合理确定病种收费标准，逐步扩大病种范围，严格掌握入院和出院标准。
逐步建立市、县定点医疗机构信息沟通和监管制度，市、县卫生行政部门要加强对同级定点医疗机构的日常监管。
各级定点医疗机构要切实加强内部管理，建立健全疾病检查、治疗、用药、收费等方面的规范、制度和自律机制，加强绩效考核。各定点医疗机构要立足于为民、便民、利民，建立健全内部管理机制，合理检查、合理治疗、合理用药，严格执行诊疗规范，严格控制目录外医疗费用比例，使有限的新农合资金发挥最大的效益。
五、简化就医结报方式
全面实行参合农民在统筹区域内自主选择定点医疗机构就医，出院即时补偿。简化农民到县外就医的转诊手续，逐步实现参合农民在市级定点医疗机构就医即时结报。
农村居民在定点医疗机构就诊，定点医疗机构要按照新农合的规定认真初审并垫付补偿资金。经办机构要强化资料审核，并采取现场抽查、事后回访、网络监管等多种行之有效的方式，对医药费用发生的真实性、合理性进行认真复审。对于不符合新农合补偿规定的费用由医疗机构自行承担，经办机构不予结算。新农合经办机构应定期与新农合定点医疗机构结算、及时支付定点医疗机构的垫付资金，保证定点医疗机构的正常运转。
