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（三）计划基建处（总工程师办公室与其合署办公）
组织编制全市水利发展战略、中长期规划和年度计划，编制流域（区域）水利规划和重点水利工程规划，并监督实施；负责全市水利投资计划的综合平衡工作，编制全市水利固定资产投资计划；组织编制、审查全市大中型水利建设项目的建议书、可行性研究报告；指导全市水利基本建设工作；根据招标投标管理体制机制，具体负责全市大中型水利工程项目招标投标活动的监督管理工作；指导全市水利工程质量监督和建设监理工作，归口管理全市水利行业技术质量标准和水利工程规程、规范并监督实施；组织实施水利建设单位人员的资质（格）管理工作；组织实施水利建设项目验收工作；组织重大水利科学研究和重要技术引进工作；负责水利综合统计工作。
（四）水资源处（市节约用水办公室）
组织水资源调查、评价、规划和监测工作；组织拟订水功能区划，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议并监督实施；组织实施取水许可、水资源论证、入河排污口设置论证、水资源有偿使用等制度；指导入河排污口设置工作；负责地下水的管理和保护；牵头组织计划用水、节约用水工作；组织监测江河湖库的水量、水质，发布全市水资源公报和水功能区水质监测报告；指导水生态保护与修复工作，组织实施太湖蓝藻治理工作并监督检查。
（五）工程管理处
负责全市各类水利设施、江河、湖泊、水域及其岸线的管理与保护；负责流域性水利工程范围内建设项目的审查及监督管理，指导辖区内长江等流域性河道、湖泊及河口的治理和开发；组织指导全市水利工程的安全运行管理和水库大坝的安全监管；拟订全市重点水利工程的维修计划并组织实施；指导全市水利行业安全生产工作；负责直属工程管理单位业务指导工作；负责指导水利工程移民工作。
（六）农村水利处（市水土保持办公室）
编制全市农村水利发展规划；组织协调农田水利基本建设工作；指导节水灌溉、圩区治理、河道疏浚整治、农村饮水安全等工程建设与管理工作；指导农村水利社会化服务体系的建设；指导全市水土保持工作，组织编制水土保持规划并监督实施；参与市重大建设项目水土保持方案的审查，负责监督水土保持方案的实施及水土保持设施的验收工作。
（七）财务审计处
指导全市水利系统财务会计和内部审计工作；负责编制部门预算和专项资金计划；负责市以上财政性水利资金的使用及监督管理；指导全市水利行业国有资产监督和管理工作；负责直属单位财务管理、内部审计和经济责任审计工作；负责局机关的财务会计工作。
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