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在乡及乡以上定点医疗机构门诊治疗，医药费补偿由乡及乡以上医疗机构门诊统筹基金支付；在乡及乡以上定点医疗机构住院治疗，医药费补偿由住院统筹基金支付。参合农民在乡及乡以上定点医疗机构就诊取消起付线。在县以内定点医疗机构门诊就诊按30%比例补偿。住院实行分级分段按比例补偿。补偿资金先用村级门诊统筹基金支付，然后用乡及乡以上医疗机构门诊、住院统筹基金支付。
在乡镇定点医疗机构住院发生的医药费用分三段进行补偿。A段：0-300元按30%比例补偿。B段：300元以上-（1500-1800）元按75%比例补偿。C段：（1500-1800）元以上按50%比例补偿。日均医药费用不得超过100元，单次补偿费用不得超过4000元。各县（市）区可根据基金筹集情况，在1500-1800元的区间内自行确定B段的上限和C段的下限，在上、下5个百分点区间内自行确定A段和B段的补偿比例。
在县级定点医疗机构发生的医药费用分三段进行补偿。A段：0-500元按30%比例补偿。B段：500元以上-5000元按65%比例补偿。C段：5000元以上按50%比例补偿。各县（市）区可根据基金筹集情况，在上、下5个百分点区间内自行确定A段和B段的补偿比例。
在市（地）级定点医疗机构发生的医药费用分两段进行补偿。A段：0-1000元按30%比例补偿。B段：1000元以上按50%比例补偿。各县（市）区不得调整。
在省级定点医疗机构发生的医药费用分三段进行补偿。A段：0-1000元按30%比例补偿。B段：1000元以上-10000元按35%比例补偿。C段：10000元以上按40%比例补偿。各县（市）区不得调整。未经转诊（急诊除外）到省级定点医疗机构就诊，各段报销的比例下调10个百分点，封顶线不超过20000元。
法定传染病、精神病住院患者的就诊费用不分级、不分段，按70%比例补偿，其中精神病住院患者每天补偿不超过60元。
住院分娩补偿。做好新农合基金补偿与农村孕产妇住院分娩专项补助的衔接，农村孕产妇住院分娩先执行国家专项补助，剩余部分的医药费用按新农合规定给予补偿。乡级定点医疗机构正常分娩费用限价每例680元，按每例180元定额补偿；县级及县级以上定点医疗机构正常分娩费用限价每例800元，按每例300元定额补偿；剖宫产费用限价每例2000元，扣除500元专项补助后的余额按相应住院补偿比例补偿；以上限价不包括具有妊娠合并症、并发症的病例。严格执行助产技术准入制度，未经县及县以上卫生行政部门助产技术服务定级、定点的医疗保健机构，实施住院分娩不予核销；乡镇卫生院助产机构实施剖宫产术不予核销。
特殊疾病门诊补偿。逐渐建立规范的特殊疾病门诊补偿制度。将恶性肿瘤放化疗、慢性肾功衰竭尿毒症期、糖尿病（Ⅰ、Ⅱ型）、肝硬化失代偿期、系统性红斑狼疮、慢性心力衰竭（Ⅱ级以上）纳入特殊疾病门诊补偿管理，各县（市）区可根据情况适当增加病种。上述特殊疾病患者门诊治疗时必须在指定的乡及乡以上定点医疗机构就诊，使用的药物必须与所患特殊疾病相对应，具体补偿比例、封顶线、补偿办法由各县（市）区制定。
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