（十二）关于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备实际使用的税额抵免问题
企业实际购置并自身实际投入使用《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》和《安全生产专用设备企业所得税优惠目录》规定的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的，该专用设备的投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免；当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。
（十三）关于施工方直接投资环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的抵免问题
根据《
中华人民共和国企业所得税法实施条例》第
一百条的规定，企业享受税额抵免的专用设备必须是“企业购置并实际使用”的专用设备。企业用于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备，企业不出资，由施工方直接投资，施工方从以后的节能节水项目收入中按一定比例收取投资款。由于施工方不是实际使用该专用设备的企业，不符合享受专用设备投资抵免税收优惠政策的条件，因此，不得享受该专用设备投资额10％的税额抵免。
（十四）关于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的标准问题
纳税人申请专用设备投资额的10%抵扣应纳税额，必须符合《环境保护专用设备企业所得税优惠目录（2008年版）》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录（2008年版）》和《安全生产专用设备企业所得税优惠目录（2008年版）》中规定的专用设备的性能参数、效能标准等指标。税务部门要认真审核、严格执行《目录》确定的标准，凡不符合上述《目录》所确定的技术指标、标准的，不得抵免企业所得税。
（十五）关于分支机构企业所得税违法行为处罚的问题
根据《征管法》及其实施细则所涉及行政处罚对象是纳税人和代扣代缴义务人的有关规定。由于分支机构不是
企业所得税法规定的纳税人，因此，对分支机构出现不按期申报预缴企业所得税的违法行为，分支机构所在地主管税务机关不能对其直接进行处罚，应将有关情况提请总机构所在地主管税务机关进行处理，并将处理的情况及时反馈。
（十六）关于政府部门将持有的国有股权转让的税务处理问题
