各区、分局（基层分局）应根据“免、抵、退”税管户数量设置一到两个税源管理科进行“免、抵、退”税管理，并合理配置“免、抵、退”税岗位人员。每个税源管理科都应涵盖申报受理、初审、复审、调查岗位。因人员少需要一人多岗的，人员设置必须遵循岗位监督制约机制。各岗位职责如下：
（1）认定管理岗
负责生产企业的出口退（免）税认定、变更及注销，录入并提交到出口退税审核系统和税收征管系统。
（2）申报受理岗
(1)负责对生产企业的“免、抵、退”税申报进行预审并将预审情况反馈给出口企业；
(2)受理生产企业“免、抵、退”税正式申报；
(3)生产企业“免、抵、退”税申报审批通知书销号及督促企业补缴税款；
(4)“两表衔接”业务的出口退税导数异常批号查询及上报。
（3）初审岗
(1)在规定的时间内，对申报凭证、资料的合法性、准确性进行审查。重点审核以下内容：
“免、抵、退”税申报的报表种类、内容及印章是否齐全、准确。“免、抵、退”税申报提供的电子数据和出口货物退（免）税申报表是否一致。“免、抵、退”税申报的凭证是否有效，与出口货物退（免）税申报表明细内容是否一致等。需重点审核的凭证有：
a.出口货物报关单（出口退税联）。出口货物报关单必须是盖有海关验讫章，注明“出口退税专用”字样的原件（另有规定者除外），出口报关单的海关编号、出口商海关代码、出口日期、商品编号、出口数量及离岸价等主要内容应与申报退（免）税的报表一致。
b.代理出口证明。代理出口货物证明上的受托方企业名称、出口商品代码、出口数量、离岸价等应与出口货物报关单（出口退税联）的相关内容相匹配并与申报退（免）税的报表一致。
(2)核实申报数据之间的逻辑对应关系。审核《增值税纳税申报表》中与“免、抵、退”税相关项目的准确性，如期末留抵是否准确等；审核《生产企业出口货物免、抵、退税申报汇总表》相关内容是否保持一致，如《增值税纳税申报表》的“当期已退税额”与上月审批的《生产企业出口货物免、抵、退税申报汇总表》的“当期应退税额”是否一致；审核《生产企业出口货物免、抵、退税申报汇总表》与上期审批确定的免抵退税申报表相关结转项目是否一致；审核免抵退税额、应退税额、免抵税额计算是否正确。
(3)使用出口货物退（免）税电子化管理系统进行计算机审核，将生产企业“免、抵、退”税申报提供的电子数据、凭证、资料与国家税务总局及有关部门传递的出口货物报关单、出口收汇核销单、代理出口证明、增值税专用发票等电子信息进行核对。审核、核对重点是：
a.出口报关单电子信息。出口报关单的海关编号、出口日期、商品代码、出口数量及离岸价等项目是否与电子信息核对相符。 b.代理出口证明电子信息。代理出口证明的编号、商品代码、出口日期、出口离岸价等项目是否与电子信息核对相符。
c.出口收汇核销单电子信息。
对属于《
国家税务总局关于出口货物退（免）税管理有关问题的通知》（国税发〔2004〕64号）文件第
二条所列举六种情形之一（以下简称“六类企业”）的，必须将企业申报退税数据与出口收汇已核销电子数据比对相符后，方能办理退（免）税。
在审核“六类企业”以外的生产企业的“免、抵、退”时，对尚未到期结汇的，可暂时免予审核出口收汇核销电子数据，但应开展事后核实工作。对于出口收汇核销电子数据的“核销日期”超过 出口货物报关单（出口退税联）上注明的“出口日期”210天的（远期收汇除外），除特殊情况外，不予办理相关出口货物的退（免）税，已办理退（免）税的予以追回，并视同内销货物征税。
上述特殊情况是指：受2008年以来国际金融危机影响，逾期取得出口收汇核销单；试行申报出口退税免予提供纸质出口收汇核销单的出口企业，因网上核销系统、信息传输等原因致使出口企业逾期收汇核销。
对试点企业采用人民币结算方式的出口货物的退（免）税进行审核时，不再进行出口收汇核销单及进行相关电子信息的比对，对出口退税审核系统中产生的有关出口收汇核销单的疑点可以人工挑过。
(4)负责出口货物“免、抵、退”税审核疑点的核实与调整，对计算机审核产生的疑点，经核实确属申报错误的，退还企业调整后申报；经核实属于信息错误的，按规定“人工挑过”并做原因说明；核实出口货物商品编码扩展码是否正确。
