乌鲁木齐－昌吉－石河子渔业产业区。以白斑狗鱼、丁鱼岁、河鲈、雅罗鱼等特色经济鱼类为主养品种，开发冷水水域资源，发展鲑鳟鱼类养殖，实现年产量2万吨的目标。利用这一产业区资源和区位优势，发展集餐饮、旅游、垂钓、观赏为一体的休闲渔业，提高渔业效益，打造渔文化产业。
库尔勒－且末渔业产业区。以博斯腾湖开发为重点，开发车尔臣河流域渔业生产，进行以扁吻鱼、塔里木裂腹鱼为代表的裂腹鱼类的增殖放流，扩大自然生物种群，修复水域生态环境，同时逐步恢复河鲈的种群数量，完善河鲈、白斑狗鱼池塘养殖和集约化养殖，实现特色经济鱼类年产量1.8万吨的目标。
阿克苏－喀什渔业产业区。以阿克苏河、叶尔羌河流域为开发重点，在进行以扁吻鱼、塔里木裂腹鱼保护及增殖的同时，利用资源优势发展草鱼等集约化或池塘养殖特色经济鱼类，实现年产量0.5万吨的目标。
三、转变发展方式，提升渔业综合生产能力
（六）加大特色鱼类原良种场建设。
改变目前我区原良种场数量少、规模小的现状，“十二五”期间，在北疆、南疆两大渔业产业带分布地区，扩建和新建25个自治区级鱼类原良种场。重点培育鲟鱼类、鲑鱼类、鲈鱼类、雅罗鱼类、裂腹鱼类和欧鲇、白斑狗鱼、额河银鲫、鲢、鳙、鲤鱼、罗非鱼等，使渔业生产优良品种覆盖率达到90%以上，为渔业增效、渔民增收奠定基础。
（七）加快冷水鱼养殖基地建设。
我区高山湖泊、山泉水冷水资源丰富，为冷水鱼养殖提供了十分有利的条件，充分利用这些资源，在现有基础上，从2011年起十年间在全区建设20个冷水鱼养殖基地，发展鱼类绿色食品、有机食品，使冷水鱼养殖成为我区渔业生产的主要基地。
（八）加强池塘标准化改造和健康养殖示范基地建设。
池塘水面养殖在我区渔业发展中占有重要地位，对养殖池塘进行标准化改造，使其成为起点高、集中连片、减排环保、优质高效的健康养殖基地，是扩大渔业生产规模，保证水产品质量安全的重要工程。到2015年，要在全区完成10万亩池塘改造；到2020年要在全区创建80个国家级健康养殖示范基地、100个自治区级健康养殖示范基地，带动我区渔业健康养殖形成规模。
（九）加强水生动物疫病防治体系建设。
加强水生动物疫病防治是保证渔业持续健康发展、水产品质量安全的迫切需要。要在现有5个渔业县级防疫站的基础上，到2020年新建23个县级水生动物疫病防疫站，1个自治区级水生动物疫病监控中心，全面提高水生动物疫病防控、检测、诊断能力和水域环境监测能力。
